Para abordar la crisis, el presidente conforma el "ExComm" o Comité Ejecutivo del Consejo de Seguridad Nacional. Existen dudas sobre el estado operacional de los misiles.

El grupo debate las principales opciones: un ataque aéreo único contra las bases de misiles, ataques a varias instalaciones cubanas, una serie de ataques apoyando una invasión, o un bloqueo de Cuba.

El ExComm también analiza las posibles respuestas soviéticas. El premier Khrushchev reitera que la actividad soviética en Cuba es de carácter defensivo y critica las bases estadounidenses en Turquía e Italia.